与目前所有可用的共价对接软件一样，COVDOX的计算需要提供以下信息：配体的哪一部分是共价弹头，以及共价键形成后会发生什么。我们需要一个配体结构，相应的残基侧链基与配体结合，即半胱氨酸添加-SCH3基，丝氨酸添加-OCH3基，保存为mol2文件。以PDB ID：2AWZ配体5R-（4-BROMOPHENYLMETHYL）-3-（BENZENESULFONYLAMINO）-4-OXO-2-THIONOTHIAZOLIDINE为例：
在迈克尔添加半胱氨酸S-H基团后，C1=C2双键变成C1S-C2H，我们需要画一个SCH3连接C1，H连接C2的三维结构。在这里，我们使用的是发现工作室2.5，它是免费的，支持mol2文件格式。任何支持mol2文件格式的软件都将做同样的事情。修饰后的配体外观如下：
需要注意的是，半胱氨酸侧链是一个CH2S基团，由于蛋白质缺失，我们需要限制甲烯的悬垂键，这就是为什么我们需要添加一个CH3S基团。将该结构保存为mol2。
最后一步是记录所添加的CH3S基团中的S（37）和C（39）原子的原子数。我们将在以下步骤中使用它们。
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若要对非共价配体的结合结构进行预测，请点击这里！
若要对共价配体的结合结构进行预测，请点击这里！

引用:

要引用DOX或COVDOX的使用，请引用以下文献。


1.非共价配体的DOX：

Wei, L.; Chi, B.; Ren, Y.; Rao, L.; Wu, J.; Shang, H.; Liu, J.; Xiao, Y.; Ma, M.; Xu, X.; Wan, J., 跨多层势能面的构象搜索（CSAMP）：一种准确预测蛋白质-配体结合结构的策略。化学理论与计算杂志，2019,15 (7)，4264-4279。DOI: 10.1021/acs.jctc.8b01150


2.共价配体的Cov_DOX：

Wei,L.; Chen, Y.; Liu, J.; Rao, L.; Ren, Y.; Xu, X; Wan, J., Cov_DOX：一种共价蛋白质-配体结合的结构预测方法. Journal of Medicinal Chemistry 2022, 65 (7), 5528-5538. DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c02007


请填写您的信息，并点击相应的按钮提交您的工作。
非共价
步骤一
请点击下面的按钮提交mol2格式的配体结构，添加所有氢。
下一步
请填写您的信息，并点击相应的按钮提交您的工作。
非共价
步骤一
请点击相应的按钮提交添加氢原子的蛋白质结构，并指定空体的位置，在空体中放置指针配体或指定哪些残基参与配体结合。请注意，指针配体不应该是绑定口袋的一部分，它将在DOX计算期间被删除。

如果您的蛋白质包含一个指针配体，请点击以下按钮提交蛋白质。
我的蛋白质含有一个指针配体
如果您的蛋白质不包含指针配体，并且您将指定至少三个参与结合的残基，请点击以下按钮提交蛋白质。
我将指定涉及的残数
请填写您的信息，并点击相应的按钮提交您的工作。

请点击相应的按钮提交添加氢原子的蛋白质结构，并指定空体的位置，在空体中放置指针配体或指定哪些残基参与配体结合。


如果您的蛋白质含有一个指针配体，请点击以下按钮提交。

请选择指针配体。

开始工作
请填写您的信息，并点击相应的按钮提交您的工作。
非共价
步骤二
请点击相应的按钮提交添加氢原子的蛋白质结构，并指定空体的位置，在空体中放置指针配体或指定哪些残基参与配体结合。
如果您的蛋白质不包含指针配体，并且您将指定至少三个参与结合的残基，请点击以下按钮提交蛋白质。
添加另一个残留物，我知道它参与了绑定。（总是越多越好！）
开始任务！
请填写您的信息，并点击相应的按钮提交您的工作。
共价
步骤一
请点击下面的按钮提交mol2格式共价键形成后的配体结构，并添加所有氢。这意味着你需要在弹头上添加一个S-CH3或O-CH3基团来代表CYS或SER残基侧链，如果是加成型反应，你需要添加从残基转移到配体的氢。 为什么，怎么做？
请指定S (O)-CH3碳原子的原子序数
请指定S (O)-CH3硫（氧）原子的原子序数

请点击以下按钮，在形成共价键之前提交一个配体结构（没有S/O-CH3基团和CYS/SER残基中的氢原子），并添加所有的氢。
下一步
请填写您的信息，并点击相应的按钮提交您的工作。
共价
步骤二
请点击相应的按钮提交添加氢原子的蛋白质结构，并指定空体的位置，在空体中放置指针配体或指定哪些残基参与配体结合。请注意，指针配体不应该是绑定口袋的一部分，它将在DOX计算期间被删除。

如果您的蛋白质包含一个指针配体，请点击以下按钮提交蛋白质。
我的蛋白质含有一个指针配体
如果您的蛋白质不包含指针配体，并且您将指定至少三个参与结合的残基，请点击以下按钮提交蛋白质。
我将指定涉及的残数
请填写您的信息，并点击相应的按钮提交您的工作。

请点击相应的按钮提交添加氢原子的蛋白质结构，并指定空体的位置，在空体中放置指针配体或指定哪些残基参与配体结合。


如果您的蛋白质含有一个指针配体，请点击以下按钮提交。

请选择指针配体。

请选择目标共价残基。

开始工作
请填写您的信息，并点击相应的按钮提交您的工作。
共价
步骤二
请点击相应的按钮提交添加氢原子的蛋白质结构，并指定空体的位置，在空体中放置指针配体或指定哪些残基参与配体结合。
如果您的蛋白质不包含指针配体，并且您将指定至少三个参与结合的残基，请点击以下按钮提交蛋白质。
请选择目标共价残基
添加另一个残留物，我知道它参与了绑定。（总是越多越好！）
开始工作！
预测的Top 1绑定结构
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