（1）上机完整操作3次及以上，考察学生对实验相关的软件及仪器操作是否清楚以及实验过程中的实验细节是否掌握（30%）；

（2）实验报告：考察学生对理论知识掌握程度，如晶体结构解析方法的理解程度，蛋白-配体相互作用分析手段（实验手段和理论手段）及相互作用类型（氢键、π-π作用和盐桥等）的学习程度；尤其在酶蛋白与配体相互作用分析部分，本实验增加了学生可以独立完成蛋白-抑制剂相互作用氢键的寻找，也可以根据提示来完成，但两种情况下学生的考评成绩是不一样的，这样就可以通过考核精准定位了学生的学习能力。（40%）

（3）口头报告和分组讨论：在课堂上组织学生口头报告和分组讨论实验原理、实验过程、实验结果、实验得分以及心得体会，对实验方案提出建议及改进（25%）。

(4) 创新性挑战实验：三个模块除示范实验外，还包括练习实验。在实验项目网站上学生可上传从晶体结构数据库以及蛋白结构数据库中下载的CIF或PDB文件并自动生成一个新开放性练习实验项目。(5%)